ҚР МОМ бай коллекциялардың және сарқылмас іс-тәжірибенің, эвристикалық мүмкіндіктің және әлеуетті ғылыми мүмкіндіктің арқасында, әлеуетті түрде 2005-2014 жылдары аралығында Қазақстанның тарихы мен мәдениетіне қатысты ірі көлемдегі 19 ғылыми-қолданбалы жоба орындады. Оның ішінде 15 жобаны Ұлттық Стратегиялық «Мәдени мұра» жобасы аясында атқарды.
Жобалардың басым бөлігі ҚР МОМ қорлары материалдарына, сонымен бірге Қазақстан және Ресейдің мұрағат деректеріне негізделген болып келеді. Жұмыс барысы ҚР МОМ қорында сақтаулы коллекция каталогтары, деректік құжаттар жинағы, экспонаттардың фотоиллюстрациялары және сирек кездесетін тарихи, тарихи-этнографиялық мазмұндағы фотосуреттердің көшірмелерін енгізу негізінде жүзеге асырылды.
Ғылыми-зерттеу жұмысының мақсаты мен міндеті Қазақстан Республикасы Мемлекеттік орталық музейінің археологиялық және этнографиялық коллекциялары, сирек кездесетін қолжазбалар мен кітаптар, сфрагистика, геральдика, мемориалды кешендерге қатысты мәліметтерді жүйелеу, Қазақстан мен Ресей федерациясындағы архивтік, музейлік және кітапханалық деректермен жұмыс жүргізу, Өзбекстан және жақын шетелдерде қазақ халқының тарихы мен мәдениетіне қатысты көне және қазіргі кезде жарық көрген әртүрлі зерттеу еңбектерімен де жұмыс атқару болып табылады.
ҚР МОМ қорындағы коллекцияны ғылыми-аналитикалық тұрғыдан зерттейтін жобалардан тыс, қазақ тарихы мен мәдениетіне қатысты Ресей Федерациясының музейлерінде (Санкт-Петербор қаласындағы РҒА-ның Ұлы Петр атындағы антропология және этнография музейі: 2008-2010 жж., 2011-2013 жж.; Ресей Этнографиялық музейі 2014 жылдан бастап) сақталған элементтерді анықтау, жүйелеу, каталогтау жұмыстары да жүргізіліп келеді.
Аталмыш жобаның өзектілігі сонда, осы уақытқа дейінгі қазақстандық ғалымдардың еңбектерінде, Музей жинақтарында отандық және шетелдік музейлік құжаттары, тарихқа қатысты революцияға дейінгі құнды архив материалдары, этнография, археология, деректану, сондай-ақ қазақтардың рухани өміріне қатысты мәселелер толыққанды қамтылған жоқ еді. Бұл әрине еңбектің толықтығы мен сапасына әсер етпей қоймайды. Десек те, құжаттық жазбалар, археологиялық, материалдық және заттық, сонымен қатар архивтік деректер мен тарихи және мәдени ескерткіштер ауқымды әрі маңызды ғылыми жұмыстарды жүргізуге негіз бола алады деуге болады.
2014 жылдан ҚР МОМ ғылыми-зерттеу жұмысымен айналысатын субъект ретінде әлеуметтік және ғылыми мәні жоғары саналатын мынадай екі ғылыми-қолданбалы жобаны жүзеге асыра бастады:
1. «Ресей этнографиялық музейі қорындағы қазақтың дәстүрлі мәдениетіне қатысты этнографиялық коллекциялар. Ғылыми каталог».
2. «Қола дәуіріндегі Қазақстан (б.з.д. ХVІІІ – ІХ ғғ.) Қазақстан Республикасы Мемлекеттік орталық музейіндегі археологиялық коллекциялар. Ғылыми каталог».
